
La gestion d'une zone de récifs artificiels dépend de la vocation qui lui a été initialement attribuée.
En Languedoc-Roussillon, en dehors des suivis scientifiques mis en place lors des immersions de récifs artificiels, aucune gestion n'est réellement mise en place. Cependant, une étude réalisée par le Cépralmar en 2006 auprès des pêcheurs et organisations professionnelles, des maîtres d'ouvrages et des partenaires financiers mettrait en évidence leur souhait d'une mise en place de processus de gestion. Plusieurs solutions sont avancées par les acteurs du territoire : le cantonnement est la plus citée, les autres sont soit halieutique comme la mise en jachère, ou sociale avec le partage de l'espace et l'interdiction de la plongée.
En cas d'incidents sur une concession du domaine publique maritime, attribuée pour l'implantation de récifs artificiels, la responsabilité du concessionnaire est juridiquement engagée. Il est donc conseillé de mettre en place une gestion appropriée.
En France, les protocoles de gestion mis en place, se résument essentiellement à interdire les activités autres que la pêche professionnelle sur les zones aménagées.
Sur la côte méditerranéenne, le parc marin de la côte bleue créé en 1983, gère en priorité les zones marines protégées de Carry-le-Rouet, et du Cap-Couronne ainsi que l'ensemble des aménagements en récifs artificiels. Le statut de ces deux zones est celui de réserve de pêche, le (cantonnement) mis en place par arrêté du Ministère chargé de la Pêche et du Préfet Maritime.
Au sein des deux réserves, les activités suivantes sont interdites toute l'année :
Concernant les plaisanciers, seuls certains engins de pêche sont autorisés.
Sur la côte atlantiques, L'ALR, association type Loi 1901 créée le 22 octobre 1996, intervient à l'échelle départementale dans le but de créer et gérer des récifs artificiels sur le littoral Aquitain, mais aussi d'en assurer leur développement et leur étude par la réalisation de suivis scientifiques.
Sur ce site, la gestion mise ne place découle directement du statut de la concession qui a été attribuée par un arrêté portant autorisation d'exploitation de cultures marines. Une note d'informations de la Direction Régionale des Affaires Maritimes des Pyrénées-Atlantiques renforce ce statut en ajoutant que la plongée et la pêche sous-marine sont interdites sur le site des récifs.
Actuellement, le suivi de Leucate-Le Barcarès a mis en évidence l'intérêt des pêches expérimentales, qui fournissent un échantillon plus complet que les comptages en plongée. De plus, elles permettent de montrer l'effet réel des récifs artificiels sur la pêche petit métier en prenant en compte la capturabilité des espèces.
Cette méthode est aussi utilisée par le parc marin de la côte bleue, le suivi réalisé en 1998, à peine 18 mois après la création de la réserve du Cap Couronne, montre déjà des résultats significatifs, à la fois en plongée et lors des pêches expérimentales. Les résultats les plus probants ont été obtenus lors des pêches expérimentales : les abondances ont été multipliées par 1,8 et la biomasse par 2,2 par rapport aux pêches effectuées précédemment à la création de la réserve (JOUVENEL & BACHET, 1998).